黴菌毒素是黴菌產生的代謝產物，一般常見在鴿子的穀物當中(如:玉米、豆類、小米、高粱等穀物)，台灣並不生產這些穀物，所以大多數靠進口為主，而這些穀物由產地到鴿子的口中至少經過了6個月以上，在這6個月當中穀物經過了包裝、船艙裡的運輸、溫度溼度的變化，很難保證黴菌毒素不會產生。而信鴿糧食中常受麴黴菌、梭黴菌等毒黴菌產生的黴菌毒素所汙染,例如我們常聽到的黃麴毒素Aflatoxin)、褐麴毒素(Ochratoxin)、赭菌毒素、歐兔毒素(DON)、T-2毒素、F-2毒素等等, 一種黴菌，可能產生數種毒素，彼此間常具相乘作用，僅需人工引發致病劑量的十分之一量，即可引起中毒。這些毒素會降低信鴿進食量、會影響幼鴿發育及成長, 對信鴿的腸道消化會消化異常、會肝腎損壞、抵抗力下降等等問題。這幾年幼鴿常發生大量死亡也與黴菌毒素有關。